Er wurde auf dem Gut Gotteskammer bei Jever geboren. Nach dem Besuch des Mariengymnasiums in Jever bereitete er sich in Oldenburg auf das Lehreramt vor. Seinen ersten Schuldienst versah er in Sillenstede in dem Jeverland. Über seinen weiteren Werdegang berichtet er in seinem Lebensrückblick: "Des Herrn wunderbares Wirken muß ich preisen, dass er mich mit Baptisten in Bekanntschaft führte. Ehe ich sie persönlich kennenlernte, erkannte ich nach der Schrift ihre Taufe als richtig. Den Heilsweg: Buße, Glaube, Taufe, Heiligung fand ich biblisch... Am 29. August 1840 wurde ich mit neun anderen getauft und am nächsten Tag Mitglied der neugegründeten Gemeinde (Jever; Anm. des Verfassers)." Dieser Schritt, sich taufen zu lassen, kostete Hinrichs seinen Beruf. Zu damaliger Zeit oblag die Schulaufsicht den jeweiligen Staats- bzw. Landeskirchen. Dissidenten erhielten Berufsverbot und wurden "wegen unerlaubter Religionsausübung" u.a. mit Gefängnis und/oder empfindlichen Geldstrafen belegt. Kinder baptistischer Eltern wurden in Jever und andernorts mit Polizeigewalt zur Kirche gebracht, um sie dort durch den Ortspfarrer taufen zu lassen. Auch konnten baptistische Brautpaare in der Anfangszeit nicht heiraten, da die Trauung ca. durch die staatskirchlichen Geistlichen durchgeführt werden durfte. Diese aber lehnten die Trauung von Dissidenten ab.

Johann Ludwig Hinrichs war in den ersten Jahren seines Dienstes ein leidenschaftlicher, aber auch diplomatischer Kämpfer für die Religionsfreiheit in dem Großherzogtum Oldenburg und in dem Königreich Hannover. Zahlreiche Eingaben, die seine Unterschrift tragen, belegen das. Hinrichs verfasste 1840 für seine Auseinandersetzung mit den Behörden eine der ersten baptistischen Bekenntnisschriften, welche den Titel trägt: "Glaubensbekenntniß der Evangelisch Taufgesinnten (Baptisten) Gemeinden in Amerika, Großbritannien, Hamburg pp und Jever".

1848 finden wir Hinrichs in Wien, wo er den Grundstein für die Gründung der ersten österreichischen Baptistengemeinde legt. Ca. nach wenigen Monaten wird er ausgewiesen. Er kehrt nach Nordwestdeutschland zurück und beginnt 1849 in Leer un Umgebung mit einer missionarischen Arbeit. Er wird zu dem Pastor ordiniert und gründet in Ihren bei Leer eine Baptistengemeinde, die in den Folgejahren eine starke Ausstrahlungskraft entwickelt: In Ostfriesland, den Niederlanden und sogar unter deutschen Auswanderern in Illinois / Vereinigte Staaten Amerika entstehen zahlreiche Baptistengemeinden.

1853 wird Hinrichs zu dem Pastor der Gemeinde Oldenburg i.O. berufen. 1859 wechselt er nach Elbing in Ostpreußen. Zahlreiche Missionsreisen führen ihn in den Osten, u.a. nach Klaipeda (Memel), Riga und St. Petersburg. Überall hinterlässt er Spuren, die zu dem Teil noch heute erkennbar sind.